قصة فيلم Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time هي تتمة أحداث الفيلم السابق .. بعد التأثير الثاني، كل ما تبقى من اليابان هو طوكيو 3، وهي مدينة تتعرض للهجوم من قبل مخلوقات عملاقة تسعى إلى القضاء على الجنس البشري، وتدعى “الملائكة”. بعد عدم رؤية والده لأكثر من ثماني سنوات، يتلقى “ايكاري شينجي” مكالمة هاتفية يُطلب منه فيها أن يأتي بشكل عاجل إلى مقر “نيرف” (العصب)، وهي منظمة تحارب “الملائكة” من خلال استخدام الات عملاقة تسمى الـ“ايفا” (من “ايفانغيليون”، أي البشرى أو الخبر السار). والأن هدف “شينجي” هو قيادة وحدة “ايفا 01”، والعمل في فريق مع قائدة وحدة “ايفا 00”، “ايانامي ري”.